一般來說，在一定的培養(yǎng)條件下（相同的培養(yǎng)基、溫度以及培養(yǎng)時(shí)間），同種微生物表現(xiàn)出穩(wěn)定的菌落特征。這些特征包括菌落的形狀、大小、隆起程度和顏色等方面。因此可以通過顯微鏡觀察菌落特征對微生物種類進(jìn)行判斷。
使用選擇培養(yǎng)基培養(yǎng)微生物或人為提供有利于目的菌株生長的條件。選擇培養(yǎng)基，顧名思義其作用是允許特定種類的微生物生長，同時(shí)抑制或阻止其他微生物生長。例如，使用以尿素作為氮源的培養(yǎng)基能夠培養(yǎng)出可合成脲酶的微生物；在培養(yǎng)基中PH調(diào)至酸性有利于霉菌的生長繁殖（抑制細(xì)菌的生命活動）等。選擇培養(yǎng)一般是通過觀察微生物的同化作用類型或某一特征進(jìn)行間接判斷，得到的微生物往往并不只有一種，但是能夠大致確定這些微生物存在的共有特征從而對其分類。
使用鑒別培養(yǎng)基。即根據(jù)微生物的代謝特點(diǎn)，在培養(yǎng)基中加入某種指示劑或化學(xué)藥品。例如，水質(zhì)檢驗(yàn)中大腸桿菌的檢驗(yàn)（大腸桿菌的存在數(shù)量用以衡量水被糞便污染的程度）就用到了伊紅—美藍(lán)試劑，該試劑與水或乳制品中的大腸桿菌反應(yīng)出現(xiàn)深紫色且?guī)в薪饘俟鉂?，屬于大腸桿菌的特征反應(yīng)。與選擇培養(yǎng)相比，鑒別培養(yǎng)基的鑒別所得結(jié)果的范圍比較小，一般可直接測定某微生物的種類。
